ฆาบิเอร์ อเดลมาร์ ซาเนตติ เกิดที่บัวโนสไอเรส ในครอบครัวชนชั้นกรรมกร และเติบโตขึ้นบริเวณท่าเรือในเขตดอก ซูด ซึ่งเป็นหนึ่งในเมืองที่รู้จักกันในเรื่องที่ไม่ดี พ่อเขาเป็นช่างก่ออิฐ ส่วนแม่เป็นพนักงานทำความสะอาด เขาเริ่มเล่นฟุตบอลที่สนามแถวชานเมือง และเขามักจะบำรุงรักษาสนามเมื่อเขาว่าง พอถงวัยรุ่น เขาพยายามเข้าเป็นศูนย์ฝึกเยาวชนของทีมอินเดเพนเดนเต้ ทีมยักษ์ใหญ่แถวนั้น แต่ถูกปฏิเสธในที่สุด โดยบอกว่าเขาขาดร่างกายที่จะประสบความสำเร็จในเกม